Первая попытка положить начало заповедному делу в Крыму была предпринята в 1917 году, когда места царской охоты (созданной в 1870 г.) государство объявило национальным заповедником. Однако фактически история заповедника началась 30 июля 1923 года — с выходом декрета «О Крымском государственном заповеднике и лесной биологической станции». В последующие годы исследователи выявили в природе Крыма и обосновали необходимость создания заповедников, представленных уникальными природными комплексами. В 1991-1993 гг. в Украине и в Крыму приняты Законы об охране окружающей природной среды и заповедных объектов.
Основу природного заповедного фонда полуострова образуют четыре государственных заповедника: Крымский, Ялтинский, Мыс Мартьян и Карадагский. Они занимают 43,8% всей заповедной площади Крыма.
Крымский заповедник был организован в 1928 г. Занимает 33397 га в центральной части Главной Крымской гряды. На охраняемой территории произрастает более 1200 видов растений (почти половина всей флоры Крыма), обитает свыше 200 видов позвоночных животных (половина встречающихся в Крыму). Особую ценность представляют дубовые, буковые и грабовые леса, играющие важную воодоохранную и почвозащитную роль.
В лесах обитают крымский благородный олень, крымская косуля, муфлон, черный гриф, белоголовый сип и другие редкие животные. Велико научное и культурно-просветительное значение заповедника.
На периферии охраняемой территории создано несколько рекреационных участков и экологических троп, где туристы организованными группами, без ущерба для природы знакомятся с ее богатствами. На Чатырдаге оборудована для массового посещения красивейшая пещера «Мраморная».
У северо-западных берегов Крыма располагается филиал заповедника — 
Лебяжьи острова. Здесь находится одно из самых крупных в Восточной Европе скоплений водоплавающих птиц: более 230 видов, из них 18 видов занесены в Красную книгу. Ежегодно на линьку с юга слетаются до 5 тыс. лебедей, а колония саек-хохотуний насчитывает более 30 тыс. особей. За летний сезон чайки уничтожают почти 2 млн. сусликов и до 8 млн. мышей — вредителей полей. В Алуште при управлении Крымского заповедника создан Музей природы и дендрозоопарк, где можно ознакомиться с природными богатствами горных лесов.
Ялтинский горно-лесной заповедник создан в 1973 году. Он охватывает в основном западное Южнобережье 
(14590 га). Леса занимают 3/4 его территории. На горных склонах распространены высокоствольные, главным образом сосновые (57% лесов заповедника), и широколиственные (буковые и дубовые) леса, местами вечнозеленым субсредиземноморским подлеском. По территории Заповедника проложена экологическая тропа «Солнечная» (бывшая «Царская») протяженностью 7 км.
Заповедник Мыс Мартьян, расположенный к востоку от Никитского Ботанического сада (на одноименном известняковом Мысе), занимает вместе с прибрежной акваторией Черного моря 240 га. Он создан в 1973 году и предназначен для сохранения в Крыму уголка средиземноморской природы. Здесь охраняется реликтовый средиземноморский лес, в котором произрастает более 500 видов растении. Особую ценность представляют сообщества редчайшего реликта, единственного широколиственного вечнозеленого дерева Восточной Европы — земляничного дерева красного (земляничника мелкоплодного), занесенного в Международную Красную книгу. Здесь произрастают и другие «краснокнижные» виды: можжевельник высокий, фисташка туполистная. Мыс Мартьян — это натурная научная лаборатория Никитского Ботанического сада, где пролегает научно-экологическая тропа.
На Юго-Восточном побережье Крыма — самый молодой на полуострове Карадагский заповедник (основан в 
1979 г.). Он занимает территорию древневулканического горно-лесного ландшафта между полуостровами Метаном и Кникатлама (2855 га). В этом своеобразном музее, созданном самой природой, можно прочитать летопись Земли почти за полторы сотни миллионов лет. На Карадаге найдено более 100 минералов и их разновидностей. Здесь встречаются полудрагоценные камни: сердолик, опал, гелиотроп, агат, горный хрусталь, аметист. Можно наблюдать атрибуты ископаемого вулкана: лавовые потоки и брекосии, дайки, минеральные жилы, вулканические бомбы и даже канал, некогда служивший проводником лавы на поверхность. Флора Карадага насчитывает около 1050 видов растений. Только здесь обитают боярышник Поярковой, ясколка Стевена, тюльпан коктебельский и другие редчайшие виды. 29 видов растений занесены в Красные книги. Своеобразен и животный мир заповедника: здесь отмечено 35 видов млекопитающих, 277 видов птиц, 15 видов рептилий, 18 видов животных, занесенных в Красную книгу. Для организованных туристов и экскурсантов по Карадагу проложена учебная экологическая тропа.
На полуострове образовано 33 государственных заказника. В их числе —16 заказников общегосударственного значения. Ландшафтными (комплексными) заказниками являются: Мыс Айя на западе Южного берега Крыма с живописными известняковыми скалами, 
покрытыми реликтовым лесом из сосны Станкевича, можжевельника высокого и земляничника мелкоплодного; Байдарский заказник на северном склоне Главной гряды с каньонами и реликтовыми можжевеловыми лесами; Аюдаг на Южном берегу — горный вулканический массив с реликтовым субсредиземноморским лесом; Большой каньон Крыма на западе Главной гряды — самое глубокое в Крыму тектонико-эрозийное ущелье (до 320 м) со смешанными лесами; Плачущая скала —живописное предгорное урочище в долине Западного Булганака.
Геологические заказники располагаются в горном Крыму: Черная речка на западе Главной гряды — ущелье-каньон; Качинский каньон на месте долины прорыва реки Качи через Внутреннюю гряду; Горный карст Крыма, занимающий часть закарстованного плато Караби-яйлы. Хапхальский гидрологический заказник расположен на южном склоне Главной гряды в ущелье с водопадом Джур-Джур.
К ботаническим заказникам относятся: Кубалач — гора на востоке Крымского предгорья с зарослями эндемичного цикламена Кузнецова; Караби-яйла — участок нагорного плато, место произрастания лекарственных растений; Канака —долина в восточной 
части Южнобережья с реликтовой рощей можжевельника высокого; Новый Свет — горный прибрежный массив на Юго-восточном побережье, занятый редколесьями пицундской сосны и можжевельника высокого; Арабатский заказник — участок степи у основания Ара6атской стрелки с целинной приморско-степной растительностью. В Крыму имеется два орнитологических заказника, где охраняются сообщества редких птиц:Каркинитский у северо-западных берегов полуострова с обилием водоплавающих птиц;Астанинские плавни — озерное мелководье на севере Керченского полуострова, местообитание огарей, серого журавля и других птиц. В Крыму 87 государственных памятников природы (занимают 2,4% всей заповедной площади). 13 из них имеют статус общегосударственных памятников, 6 памятников являются комплексными (ландшафтными): Кошка-гора — известняковый отторженец на западе Южнобережья с субсредиземноморским редколесьем; Караул-Оба — горный известняковый мыс на востоке Южнобережья с можжевеловым редколесьем; Агармышский лес — яйлинский 
массив возле города Старый Крым, на склонах которого охраняется буковый лес; Ак-Кая — скальная вершина Внутренней гряды предгорья с кустарниковыми зарослями; Бельбекский каньон — долина прорыва реки Бельбек через Внутреннюю гряду предгорья; Мангуп-Кале — гора-останец на западе Крымского предгорья, занятая смешанным лесом.
К геологическим памятникам природы относятся 4 объекта: Демерджи — горный массив Главной гряды близ Алушты, на склонах которого высятся оригинальные фигуры выветривания конгломератов (Долина Привидений); Кизил-Коба— урочище на западном слоне Долгоруковской Яйлы, вмещающей самую большую в Крыму пещерную систему (13,7 км);Карстовая шахта Солдатская на Караби-яйле, самая глубокая в Крыму (более 500 м), Джау-Тепе 
— большая грязевая сопка на Керченском полуострове.
Гидрологическим памятником природы является Карасу-Баши — горно-лесное урочище у истоков реки Биюк-Карасу на северном склоне Караби-яйлы.
К ботаническим памятникам относятся Кара-Тау — горный массив верхнего плато Караби-яйлы, занятый старым буковым лесом, и Караби-яйлинская котлована — на Главной Крымской гряде, где сосредоточены редкостные подушечные заросли эндемичной ясколки Биберштейна («крымского эдельвейса»).Частные гостиницы в Ялте предлагают для отдыхающих множество экскурсий.
Своеобразную группу природно-антропогенных заповедных территорий представляют парки-памятники садово-паркового искусства. Их на полуострове 21 (занимают 0,7% площади заповедного фонда). В их числе II являются общегосударственными парками-памятниками. К выдающимся по научному значению и красоте относятсяГосударственный Никитский ботанический сад, расположенный восточнее Ялтинского горного амфитеатра (основан в 1812 г.); находящийся на Южном берегу Крыма Форосский парк (1 половина XIX столетия); Алупкинский парк (1 половина XIX столетия); Мисхорский парк (конец XVIII в.); Харакский парк (вторая половина XIX в.); Ливадийский парк. (1 половина XIX в.); Массандровский парк (1 половина XIX в.); Гурзуфский парк (начало XIX в.); Кипарисный паркна территории Артека (начало XX в.); Карасанский парк восточнее Аю-Дага (1 половина XIX в.); парк санатория «Утёс»(середина XIX в.).
В природно-охраняемую сеть Крыма входят также 10 государственных заповедных урочищ, которые занимают 1,4% заповедного фонда горного и равнинного регионов полуострова. К 1993 г. Верховный Совет Крыма принял Закон об охране окружающей природной среды, в котором регламентируется и заповедное дело.
